إن المعهد يحمل في طيه مكتبة عامة، لتوفير المساعدة للباحثين والمفكرين لإجراء وإعداد بحوثهم ومواصلة دراساتهم، وإن المكتبة تشمل على عدد هائل من الكتب حول كل من مواضيع التفسير والحديث والفكر الإسلامي والعلوم الاجتماعية والاقتصادية والسياسية وما إليها، والفلسفة الإسلامية والتاريخ العام، وتاريخ الديانات، ومشاكل المسلمين، كما أنها أيضاً تشتمل على مجموعة جيدة للمقالات حول الإسلام والعالم الإسلامي والمسلمين في الهند.
وإن المكتبة يشرف عليها السيد شهاب الدين الأنصاري، أمين المكتبة سابقاً لمكتبة د/ ذاكر حسين، للجامعة الملية الإسلامية، وإن شهاب الدين الأنصاري ساهم مساهمة قيمة وبغاية من الفعالية والجدية في تنشأتها وتطويرها، وكما أن خدماتهم المستمرة للمكتبة في الواقع جديرة بالثناء والتقدير البالغين.
وحوالي 1069 كتابا، و 5 دوريات ومقالات مطولة وخمسة تقارير، و 15 شريطا سمعياً، و 8 أشرطة مرئية قد أضيفت إلى مجموعة المكتبة خلال السنة، وإن مخزون المكتبة إلى 31 مارس عام 2005م حسب ما يلى: